当公司没有收到专票或专票已丢失，但已经抵扣进项税时，如果不能提供充分的发票证据证明，上级税务机关将不予办理抵扣，因此公司可以尝试向税务机关申请开具凭证，以确认其抵扣已作业的进项税。此外，公司还可以向供应商申请补发专票，以确认自己的进项税抵扣情况。 拓展知识：以上是进项税抵扣未能提供证据证明的处理方式，而出口退税的证明证据尤为重要，公司应重视起来，遵守有关出口退税的规定，提供符合要求的出口凭证，以确保正确准确完整地抵扣退税税额。