根据你说的信息，如果客户公司付款时需要开票给子公司，就需要经过三方协议。这个三方协议必须由客户公司，子公司以及收款方全部签署，用来解释客户公司和子公司之间的付款流程。这个协议还应该清楚说明各方职责，以及款项在客户公司和子公司之间如何循环、清算以及变更等。此外，开具发票的方也必须在三方协议中指定，以确保发票的真实性和完整性。