合同共建研究院，通常会让公司支付启动费和后续的资金。为了更有效地处理会计，建议研究院向我们公司开具正规的增值税发票。因为正规的增值税发票可以帮助我们在准确计算纳税业务的同时进行记账，而且可以作为财务支出的凭证。此外，我们还需要维护和研究院的收支台帐，使用台帐来记录费用的收入和支出，这样就可以有效地追踪收入和支出情况，以及每月和每年的收支状况。最后，我们可以利用会计软件来进行财务会计，帮助我们完成准确而有效的账户处理，并准确计算纳税业务，从而获得更高的效率。