是的，如果企业有研发部门，它们仍然可以在做账的时候对研发支出进行抵押。根据《企业所得税法》的规定，企业的研发费用可以作为“允许抵扣的企业所得税费用”进行抵押，以减少企业应纳税额。研发费用包括研发费用、专利费、商标费等，它们可以按照不同比例减免企业应纳税额，最高减免额不超过企业当期应纳税款额的35%。 此外，根据相关法律法规中对研发费用的有关规定，一定程度上，企业可以根据实际情况支出某些指定的研发费用，并申请减免企业所得税。例如，研发机构开展的基础研究，也可以拿到减免政策的支持，国家还有相关的国家税收优惠政策可以支持这些企业的发展。 综上所述，对于有研发部门的企业来说，在做账的时候可以做研发费用的抵押，以减少企业应纳税额，可以从一定程度上节约企业的财力，拓展企业的发展机会。因此，把握相应的优惠政策，及时申报研发费用，以减少企业应纳税额，是企业发展的有效措施。