企业被扣增值税账务处理应根据实际情况具体分析处理。简单地说，可以分为四个部分来处理： 1、 在增值税税务系统上，对应减少应纳税额，以及减少已缴税款，更新应税所得额。 2、 将增值税扣抵及减税款项登记在企业内部账户管理系统中，进行现金抵扣处理及记账。 3、 增值税抵扣及减税款项登记到增值税发票上，说明具体情况并填制回扣税票。 4、 对增值税抵扣及减税款项进行入账处理，及时将其记录到财务会计账簿上。 拓展知识：企业可以在申报增值税时，增加减免税项目，并获得减税抵扣权，减轻企业税负，节约企业经营成本。