物流公司可以按照自己支付司机运费进行会计核算，具体分为以下步骤： 1、在支付司机运费时，采用公户转款的方式，就可以在账上做出相关的明细，记录支出的司机运费的金额、司机姓名和入账时间，在这一笔费用的出纳签收确认后就可以完成费用支出。 2、记账时，可以用应付款科目进行记帐，将司机运费核算在应付款下。 3、在司机收取费用后，可以使用客户对账单的方式进行确认，将客户的编号、运费金额、司机姓名、运费类型等明细记录在客户对账单上，以确保对账的准确性。 以上就是物流公司按支出司机运费的会计核算方法，以保证财务的准确性和可靠性。此外，物流公司可以进一步做好其他会计核算工作，保障账务的准确性。