针对客户的发票联抵扣联丢失的情况，根据《发票管理办法》关于发票抵扣联丢失的规定，我们应当按照以下处理流程进行处理： 一、客户应完善发票抵扣联丢失申请表：核实客户丢失抵扣联的基本情况，包括发票号码、开票日期、发票金额等。 二、客户需提供发票丢失的证明材料：客户应提供发票丢失的证明材料，包括开票方的开票发票销售证明函或其他意外损失的证明，以证明客户发票联抵扣联已经丢失。 三、提供合法的发票代用证明：提供有效的发票代用证明，如开票方确认有效的发票代用证明原件。 四、客户提交发票补打申请：客户应在发票抵扣联丢失申请表内填写正确的发票内容，并向发票机具生成补打发票。 拓展知识：一般来说，如果客户的发票联抵扣联丢失，可以根据《发票管理办法》，向发票机具补打发票。但如果客户的发票联抵扣联遗失比较久，可能需要向税务部门提交申请，以获得政府颁发的税收凭证。