有限责任公司自然人独资和有限责任公司自然人投资或控股的法人独资，主要区别是属于股东不同结构，从控制权益上来讲，有限责任公司自然人独资指股东是一个自然人，后者指股东有一个法人独资有限责任公司，而这家法人独资有限责任公司又是一个有限责任公司，而这家有限责任公司又是多个自然人合资控股或者投资的。 所以，根据股东结构的不同，两者在法律上是有区别的。在有限责任公司自然人独资的组织构架中，自然人的股东拥有公司的所有股权；而在有限责任公司自然人投资或控股的法人独资的组织构架中，控股的法人独资有限责任公司是该公司的控股股东，所以有限责任公司自然人独资和有限责任公司自然人投资或控股的法人独资有区别。 拓展知识：有限责任公司自然人投资或控股的法人独资，其中法人独资有限责任公司本身也是一种公司，它也必须符合法定形式，按照《中华人民共和国公司法》的规定，法人独资有限责任公司必须由至少2人组成，并有其他相关的规定。