刚入职的员工要申请个税专项扣除的话，需要提交的资料有：身份证明、近一年的收入证明、专项扣除凭证，如：大病医疗费、子女教育支出等。申请人需要在个税申报系统中填写相关申报信息，把以上资料一并传递到系统中，并提交申请。 拓展知识：个税专项扣除根据个税扣除项目不同可以分为子女教育费扣除、住房租金费扣除、继续教育费用扣除、大病医疗费扣除等多类别，为减轻社会民众的负担而设立的一种优惠政策。