经查明，9月5日收到的材料共300公斤，材料价款为30000元，增值税3900元，入库之前挑选整理支付3000元，上述款项支付9月20日，进行入库验收时发现材料缺少50公斤，其中5公斤为定额内合理损耗，而另外45公斤是由于运输部门造成的。由于缺少材料，公司对运输部门负责。运输部门应负责赔偿缺少的45公斤材料价值以及相应的增值税。 此外，该事件还表明，结算凭证审核一定要仔细，整理材料运输过程也要注意，以便避免发生此类纠纷，并确保企业在采购过程中及时收取按照实际数量的材料。