是的，乙公司可以在申报个税时扣除其个人社保部分，以及按工资薪金申报。根据国家税务总局实施的《企业所得税专项附加扣除暂行办法》，用工单位承担了职工个人缴纳的社会保险费、住房公积金等，符合条件的用工单位可以享受企业所得税专项附加扣除，即可以把扣除的费用，按一定的比例由企业所得税以外计入其企业所得税所得额。因此，乙公司可以在申报个税时扣除其个人社保部分，按工资薪金申报。 此外，纳税人在缴纳个人所得税时，如果满足相关条件，还可以适用新个税法实施后规定的财政部门确定政策性税收优惠政策，例如税率减让、抵扣等，以形成更丰富的税收减免政策，减轻纳税人的税负压力。