是的，根据国家税法规定，公司变更股东，网上提交股权转让协议时，必须缴纳资本利得税。具体来说，如果股权转让实现利得，买方必须缴纳利得税，如果没有实现利得，则买方不需要交税。在股权转让协议中双方应按照国家有关规定记载的价格和所交的实际税金等信息，清楚反映出购买方的财产收入情况，以便确定该财产收入应缴纳的税款。 拓展知识：除了资本利得税，公司变更股东，网上提交股权转让协议时还需要缴纳地方税，如增值税、印花税、资源税等。完善股权转让协议的同时，还应当注意排查和收取相应的税款。