个人独资企业的经营所得，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第一百六十一条的规定，按照“收入-成本-费用”的所得税计算法定税收。若没有按月给企业老板发5000元的工资，则不可以以此金额抵扣六万元的纳税扣除数。但可以根据实际情况，可以以企业的费用，如办公费、福利等作为税收减免的条件，从而获得税收减免的优惠。举例来说，企业可以根据实际情况，向企业老板提供一定金额的工资、津贴和补贴，从而获得所得税的减免。同时，个人独资企业还可以按照相关要求购买社会保险，以享受社会保险关系人所得税减免。简言之，独资企业经营所得计算是按照收入-成本-费用来计算的，而且还可以根据实际情况来享受一定的税收优惠政策。