印花税还有增值税附加一般都要经过妥善处理才能进行入账。首先，当收到退回来的印花税时，必须核实印花税发票信息与税务机关登记的信息是否符合，如有不符需及时与税务机关联系，一起确认后方可进行入账。 其次，确定印花税及增值税附加是否已经计入税金科目中，如已计入，则需要撤销原印花税及增值税附加的发票，再按退回印花税及附加费的具体金额进行入账。如未计入，则可直接按退回印花税及附加费的具体金额进行入账。 最后，将入账信息凭证及其相关联的凭证号和印花税及附加费发票归档，以备查询及用于税务机关核查。 以上就是印花税还有增值税附加的入账流程，其中要注意每一步的操作，保证数据的准确性，避免造成金额的损失或无法查询的情况。此外，为了更好地管理账务，也可以使用财务软件来实现对印花税还有增值税附加的记录及入账操作，更容易追溯核查。