根据相关收入税法规定，收入归属取决于主体所在地。你提到的情况当中，项目的主体是总公司，所以开票收款应当由总公司进行。一般来说，双方合同归属地不同，分支机构应当把收入、税务等转账给总公司，而不是以总公司名义收取收入，以免形成两个实体之间的收付款循环。另外，总公司在缴纳增值税和所得税时，应当综合考虑所有分公司收支情况，按照各分公司注册地属性将收入纳入税收系统。从另一方面来说，对主体所在地注册的分公司发生的收支情况，总公司在缴纳增值税和所得税时，也可以按照分公司的名义实现收入的代扣代缴。