企业税务检查后缴回留底退税款的账务处理步骤如下： 1、检查企业收到的税务检查通知书，是否有“缴回留底退税款”的要求，并出具上传的证据所涉及的账务凭证； 2、将企业已“入账”的“留底额”（按照“应纳税所得额”减去“实际缴纳税款额”/减去“已留纳税额”）以“科目：应交税费”的方式做贷方“借方：现金”； 3、根据税务检查的要求填写“税务收入”的声明凭据，以“科目：应交税费”的方式做贷方“借方：现金”； 4、按照税务收入声明凭据的要求将“缴回留底退税款”的资金转入指定账户； 5、根据税务收入声明凭据，将“缴回留底退税款”账务处理成“科目：应交税费”的借方“贷方：现金”； 以上就是企业税务检查后缴回留底退税款的账务处理步骤，拓展知识：对于税务检查的证据的账务处理，一定要按照财务规定的账务处理流程进行，并加以妥善处理，以保障企业的财务报表的真实性与准确性；同时，企业应提供可靠财务资料，为税务检查提供支持，以保障企业合规经营。