首先，在处理公司有新股东投资，并将30万转入公司账户，备注为投资款，然后又说要求这三十万当成借款的情况下，需要参考公司章程。如果章程未变更，则根据法律规定，原股权变更前的股东可以向公司提出借款的要求，那么公司要依据借款协定的内容处理该账务，必要的话，也需要签署相应的借款协议，同时还需要确认双方签字，并确定各方的权利和义务，包括借款金额，发放和归还方式等内容。若双方发生争议，也可以在协议中约定仲裁方式，避免法律纠纷。 从上述结果可以看出，公司账务处理股权变更对借款案件，要严格按照公司章程、双方签署的协议和相应的法律法规来处理，不仅要考虑变更前的股权情况，还需要考虑变更后的权利义务转接及处理方式，以确保双方的投资和利益不受损害。此外，为了减少纠纷，可以在协议中约定仲裁方式，这样可以有效避免法律纠纷。