印花税计税依据是根据当期开具发票金额确定的，又称"发票计税"。一般来说，根据发票金额计算印花税应从开具发票详细的总额中扣除。例如，如果该月开具的发票总额为2000元，则应从该金额中，扣除应纳税金额，除以税率（如0.05%）计算出印花税金额。 印花税不仅仅是从开出去的发票金额中计算，还需要考虑收到的进项发票金额，因为进项发票也是作为计税依据之一考虑的。即，物流公司的印花税计税根据是开出去的发票不含税金额加上收到的进项发票金额的总额。当开出去的发票金额大于收到的进项发票金额时，应从开出去的发票金额中扣除应纳税金额计算印花税金额；当开出去的发票金额小于收入的进项发票金额时，应从收入的进项发票金额中扣除应纳税金额计算印花税金额。 印花税计税是中国境内法律所规定的，它旨在税收管理的防止减免和税收的补偿，以促进公平的税制体系。若有任何异议，可以向税务机关提出申诉，及时答复和处理。