对于总分公司的账务处理，在钱从总公司转钱进分公司时要扣除一些医社保和公积金，那么这些钱是要由总公司正常登记记账，并跟分公司挂账。首先，总公司要正确准确的落实账务管理制度，完善账户体系，形成总分公司账务处理制度，并给予一定的考核机制，保证账务活动在规范、合理的范畴内运行；其次，以及总公司需要建立清晰的账户结构，包括管理账户和明细账户；最后，要建立良好的挂账管理程序，跟踪日常收入和支出情况，确保支付程序的正确执行，管理合同以及催收等款项管理。拓展知识：跟踪管理也是总公司账务处理过程中的重要内容，要定期监督、考核各分公司的账务管理情况，及时发现、分析异常现象，采取有效的措施进行跟踪管理。