母公司注册资本比子公司少是正常情况，母公司一般不会承担子公司经营不善的责任，但是母公司将承担子公司认缴的部分注册资金。如果母公司也申请破产，那么子公司认缴部分的注册资金，母公司也需要承担责任。但是，在母公司的资产不足的情况下，子公司认缴的注册资金很可能无法得到赔偿。拓展知识：在经营不善的子公司申请破产的情况下，母公司和子公司之间，存在一种受益人责任制。如果子公司申请破产，申请人会首先向受益人追回财产，若追回的财产不足以偿还债权人，受益人再出面偿还差额，但受益人无需偿还超出注册资本的部分。