公司为员工代扣代缴的个税现金流指定主要是通过设置代扣代缴系统，由制定公司内部税务专员进行指定。具体步骤如下： 一、准备工作： 1.准备税务指定函：由公司主管审核通过后，可打印准备好税务指定函； 2.个人信息准备：公司为每一位员工准备完整的个人信息，包括姓名、身份证号、工号、社保编号等； 二、配置代扣代缴系统： 1.进入税收系统：由专职税务专员登录财政部网站，进入税收系统； 2.配置代扣代缴功能：根据公司准备的个人信息，配置代扣代缴功能； 3.完成指定：完成代扣代缴的指定，并保存指定函据备查。 总之，公司为员工代扣代缴的个税现金流指定需要准备好个人信息，并通过财政部网站的税收系统进行配置，最后完成指定并备案。 拓展知识：个人所得税的指定，既可以由个人指定上缴所得税，也可以由单位指定上缴所得税。如果由单位指定上缴所得税，单位需要与个人签订指定书，效力同个人指定上缴所得税，单位可以直接向税务机关申报并上缴个人所得税。