是的，毁坏的货物也应该在系统中做出库单。因为在进销存管理软件系统中，所有出入库操作都必须进行记录，以确保库存数据的准确性。因此，即使是毁坏的货物，也必须作出库单，以便追踪库存状况和损失状况。同时，这样做可以有效地减少物品的损耗，保证库存水平整体的准确性和及时性。拓展知识：有时，根据公司的流程要求，毁坏物品必须由相关部门联合进行查验，并做出详细的报告，以便更好地追究相关责任和进行有效补救。