应该把员工请假扣款放在应付工资前面。事实上，这是因为单位对员工请假扣款及时支出，这也是法律规定的要求。同时，为了保证单位SwiftPay系统的有效运行，也必须要把请假处理放在工资支出前面，以便在支出前，员工扣款就可以及时记录并进入SwiftPay系统。此外，把请假工资支出前，也可以有效的防止员工恶意请假影响有效的劳动生产率。 总之，为了更好的实施单位的正常管理，及时准确的处理支出工资等事宜，把请假工资扣款放在应支工资前是比较有必要的。 拓展知识：从法律层面来看，对员工的工作和请假实行统一的扣款制度也有利于整体的管理，提高企业社会责任感，维护员工的正当权益。因此，单位应当遵循法律规定，建立完善的请假制度，严格监督员工请假扣款，以确保公司支出正常，各项制度有效落实。