开票的存根联丢失了，在纳税人遇到类似情况时，纳税人可以采取以下措施： 一、向票据供应单位申请重开发票：纳税人可以向原票据供应单位提出申请，由其出具新的发票，替换原发票，填写“卷式发票重开”字样。 二、向税务机关提出申请：纳税人可以凭票据原件、复印件和其他凭证向主管税务机关提出申请，由主管税务机关出具针对性批复，确认原发票金额及税额数额。 三、凭以上证据向银行提出办理增值税发票代扣代缴税款：纳税人凭以上证据及增值税征收管理办法等有关规定，可以向银行提出办理增值税发票代扣代缴税款的申请，及时正确地完成纳税义务税款缴纳。 此外，为了保障纳税人的权利和防范税务风险，强烈建议纳税人在开具及收票时，都务必保存好存根联。如果存根联丢失，建议纳税人及时向票据供应单位申请重开发票，并将新开具的发票记录、保存完整，以备稽查时使用。