根据相关法律法规，开具的农业合作社免税发票是可以按票面9%来进行抵扣的。具体的操作方式是：首先拿到发票的单位应当进行审核，校验发票的真实性，确认发票的内容符合当地的要求，再依据发票的金额精确计算出免税发票的金额，然后在记录发票的信息，根据免税发票金额乘以9%的税率，把发票的金额抵扣税费。 此外，值得注意的是，农业合作社免税发票除了可以 9% 抵扣税率外，还有其他一些使用限制，如需使用非增值税发票的抵扣，需要满足特定的条件，可以在当地税务局的网站上查询相关资料。而且，开具的农业合作社免税发票需要在一定时间内进行使用，否则可能会造成该发票失效，被视为无效票证，无法抵扣税费。