根据公司与日本的合作协议，在收到日本汇款到外币户上后，首先需要在审计部门按照财务规定将外币兑换成人民币，以确保公司收入是正确的和合法的，然后在财务部门办理转账手续，将外汇转入公司正式公户中，最后审核部门编制财务凭证，完成收入确认，即可完成收入确认阶段。 此外，关于外币存款确认，公司还可以按照《外汇管理条例》和相关规定，定期向外管局报送外汇存款确认书，如此即可遵守相关法律规定，并实现收入的合法确认。