甲公司对乙公司进行投资，支付一笔透支款，甲公司需要做的记账是： 1、在主账户记账：同时借记负债类“长期借款”，贷记资金类“银行存款”； 2、在备用金账户记账：借记资金类“银行存款”，贷记负债类“透支”； 3、在对方账户记账：借记负债类“长期借款”，贷记资金类“银行存款”。； 以上就是甲公司对乙公司投资一笔透支款应该进行的记账方法。通过这种记账方法，可以帮助甲公司更有效地管理资金，减少被垃圾资产困扰的风险。拓展知识：如果要投资多笔透支款，建议采用账户表达式记账，可以有效把握贷款余额，全面分析长期借款状态，保证资金安全。