社会团体登记证书年报选择是根据登记单位属性决定的。如果登记单位是民办非企业，则选择民非企业年报；如果登记单位是社会团体，则选择社团年报。民非企业年报对于登记单位而言是一项必要的义务，因其能够客观反映登记单位的状况。而社团年报则可以更加全面的反映社团的活动情况，为社会团体发展提供参考。拓展知识：社会团体登记证书换证有三种方式，分别是社会团体公文交换年报、网络申报年报以及直接上报年报。