小规模纳税人销售水杯开增值税发票的税率为3%。按照税收法规定，小规模纳税人属于低税率类，根据《中华人民共和国企业所得税法》（以下简称《企业所得税法》）第四十五条，“小规模纳税人因出售水杯取得的营业收入，应纳税额不超过50万元的，税率为3%”。此外，国家还规定，小规模纳税人投入生产经营活动抵扣的进项税额也从17%改为16%，减轻了小规模纳税人的负担。 拓展知识：企业所得税的税率有分类，其中一般纳税人税率为25%，小规模纳税人税率为3%。小规模纳税人指根据税法有关要求，符合小规模纳税所得额条件，且纳税人期末时无其他增值税专用发票应开具专用发票或普通发票的企业、机关、事业单位和个体工商户。