在公司变更法人后，在个税申报系统中，只需要申报新法人的个税。具体的申报步骤如下：第一步，更新个税申报系统，添加新法人的信息；第二步，更新员工个人账户，将原法人下的所有员工的社保信息和个人信息转移到新法人账户下；第三步，批量更新新法人下的员工信息，修改员工基本信息、修改社保信息，上传相关证件等；第四步，更改社保费用，申报新法人下的个税信息，提交个税申报。 对于旧法人在个税系统中，可以将其作为一个独立的客户，给其创建一个单独的个税账户，在个税申报系统上会显示两个账户，在进行申报时，依据变更法人时的相关原则，分别进行申报。 拓展知识：变更法人，也称变更经营主体，是指当前经营主体在经营活动中产生变更，使原经营主体不再存在，以新经营主体接替原经营主体的行为。变更法人后，社保公积金、税收登记、商标业务等都需要进行变更，是一项繁琐的工作。