一般情况下，工资扣除和专项附件扣除应当在一个公司进行。如果职工在多家公司发放工资，拆分工资扣除和专项附件扣除到多家公司，那么，在每家公司工资扣除和专项附件扣除的统计也应该分开完成。 在工资扣除方面，企业应当按照《中华人民共和国企业所得税法》规定的标准，采取合理政策，最大限度实现抵扣个税。专项附加扣除方面，企业需要按照法律规定的标准，实施专项附加扣除措施，减少职工所得税。 拓展知识：每月的工资扣除，企业需要根据职工提交的《扣缴义务人申报表》和职工实际工资额来获取应缴纳和实缴纳个税额，并且在规定时间内交纳个人所得税。