首先，代开专用发票的企业应按照《增值税暂行条例》（2006年修订）、《中华人民共和国海关法》以及相关税务政策文件，向海关报送《增值税进口增值税综合申报表》，根据税率定价、增值率和爆增率，每月申报销项税收，计算税款支付额，支付税收。 具体来说，小规模纳税人应按照《增值税暂行条例》第四十一条规定，每月申报销项税收，计算税款支付额，支付税款时扣除的应纳税额（称作“增值税进口税”）为： 1、免税额：50万元/月； 2、收入税率：3%； 3、增值率：17%； 4、可抵扣税：17% 5、爆增税：17%。 此外，代开专用发票的企业还需交纳城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加以及地方税务局规定的其他税费。 拓展知识：代开发票的税收管理一般有税务专员和会计，税务专员需要掌握相关的税收管理知识，了解增值税的税率定价、增值率和爆增率，以及城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等税费政策及相关的规定；会计需要熟练掌握电子发票与传统纸质发票的开具过程，熟悉增值税系统的运行，把握税种、税率、审核流程等。