深圳公司补缴员工社保的操作步骤如下： 1.首先，公司应根据国家社保基金的要求，计算出未补缴的社保公积金款项，包括所有的社保种类（养老、医疗、失业、工伤、生育、大病）和公积金款项。 2.然后，提交补缴申请到当地社保局，提供所需的证明材料，并填写补缴社保公积金缴费申请表。 3.接着，社保局核实补缴材料，计算出补缴款项总额，开立补缴社保公积金账户，发放补缴社保公积金缴费收据。 4.补缴社保公积金款项缴费后，应委托社保局代缴，将缴费截止月份的社保公积金正常社保账户余额补上，保证当月社保公积金缴费无误。 拓展知识：补缴社保公积金要注意的是，补缴的基础上的社保公积金款项，一般需要交纳补缴滞纳金，计算公式是未缴社保公积金金额*补缴月份数*滞纳金利率（按当地政策有所不同），凭账户余额支付。