首先，甲方收到乙方的保证金应该向上级机关申报，以便及时登记备案。同时，应当在甲方账内做好账务分录，除了在账面上登记付款外，还需要在实物上为乙方保存一份应收账款证明。 其次，甲方应当根据合同规定，在乙方发起的保证金申报中，按照约定的时间、金额及内容等进行分期登记，并及时交给乙方申报书，便于乙方根据实际情况收取保证金。 最后，在结束甲乙双方的合作关系时，甲方应当及时将相应的保证金转入乙方账户，以完成保证金的核销工作。拓展知识：甲方实际支付保证金时，应当仔细考虑是否符合支付现金的规定，如果不符合，可以通过汇款等其他方式支付。