在甲公司回购股票的账务处理中，首先应当将现金的支付减少6000万元，资本公积和盈余公积分别减少2000万元和2000万元，分别记入“回购本公司股票款”和“未分配利润”账户，股本减少2000万股，记入“回购本公司股票款”，然后将回购金额6000万元与未分配利润账户2000万元转入现金，回购的股票2000万股注销，并将账面价值3000万元拿出来平衡，拨入未分配利润账户中。 拓展知识：股票回购是指公司从股东手中回购公司自有股票，把股票从股东手中收回，以减少股东人数，提高每股持股比例，提高公司股本权益结构，从而可以增强公司企业价值。