老板车的通行费发票可以用来抵扣公司增值税，具体操作要满足以下情形： 1、车辆使用完全属于公司经营活动，且发票上标明的交通费与公司发生的实际交通费相符； 2、凭有效发票依法确定的增值税税负； 3、发票上的交通费不得计入含税价格。 拓展知识：增值税是指企业支付本质上的消费税，它是按照增值的经济原理征收的一种税种，强调经济主体增值的行为要纳税。企业在报销发生的合理、合规的各类支出时，可以申请抵扣相应的增值税，达到降低企业成本的作用。