对于公司承包合作社的经营权，并付款的情况，双方会计科目的处理方式如下： 1、承包方可以将承包费分为以下科目：承包费收入、资产负债表中短期借款（或应付账款）； 2、被承包方则可以将承包费收入分为以下科目：营业收入、资产负债表中短期借款（或应收帐款）； 3、双方应开具发票、收据或增值税专用发票来记录有关收支，以便进行报税。 此外，双方可以签订合同来记录承包费的付款和收款细节，以便更加充分的记录承包细节，以及方便今后双方的付款结算等。合同内容应详细说明，包括具体的金额、支付时间，以及记账方式等。