根据《会计准则》及企业会计政策，员工核酸检测费应当以费用类账户进行记录，单独结账。费用分录时，应按照相应的费用类别进行报销，并明确本次报销的明细。如费用可分为：检测费用、运输费用，这些费用应分别做出分录，一般分录如下：应付款项（核酸检测费），XXX（运输费用）。在结账时，分别作出分录，这样有助于财务部门更好的管理费用。 此外，为了加强费用管理，核酸检测费用的支付程序应遵循企业的内部管理规定，要求审批人必须正确填写费用科目和支付金额，并产生审批单作为财务部报销的依据。同时，报销金额必须经过审批，超出部门预算的报销金额需经过企业财务部认定后再支付，以确保费用的合理性和有效性。