加计扣除凭证的做法如下： 1、依据增值税发票，依据地方税务总局发布的消费税发票，登记增值税及地方消费税以及其它应税项目。 2、按照税收识别号和购买方归类记账，在增值税科目下登记增值税，在消费税科目下登记消费税，在其它税收科目下登记其它应税项目，并登记住房公积金。 3、依据《企业所得税暂行条例》和《企业所得税抵减清算办法》，登记企业税收减免，识别减税科目，并准确记账。 4、结合税收减免政策，登记可以减免费用，以便记账使用。 5、根据税收减免政策，记账减免项目，并登记税收减免税款。 以上就是加计扣除凭证的做法。有人想要深入了解，可以参阅《企业所得税暂行条例》、《企业所得税抵减清算办法》及其它相关法规，并要熟练掌握具体的减税规定。