根据相关会计规定，在预付款的多付情况下，除提出追回申请外，公司也有其他的几个处理方法： 一、把多出来的钱结转到下一笔应付款账单上，此时要记录这笔多出来的预付款，这笔多出来的预付款就须单独记账，并在以后有需要时用它做结转。 二、重新修改应付账款，如果多付港使费仍在此开票有效期内，可以申请更改此开票，但此操作要求双方对于费用数额的修改有所调整，同时上一笔费用凭证要被撤销，并且重新开具相应的新的费用凭证。 三、根据双方的具体情况，可以采取回购计划，将多出来的钱支付给对方，期间建立按账单明确的偿付计划，以保证每次支付价款完整无误，以免双方发生纠纷。 总之，在处理多付港使费的预付款结余时，除提出追回申请外，双方可以根据实际情况采取调整应付账款，采取回购计划等方式，尽量避免双方发生纠纷。