有限公司自建厂房出租可以拆分租金和管理费用。租金的发票税率是9%，管理费的发票税率根据收入性质来判断，如果是报销性质的费用，可以按照按照业务性质的税率来统一开票，一般是6%。如果是收入性质的费用，发票税率可以按照增值税一般纳税人的税率来统一开票，此时可以按3%来统一开票。另外，转为小规模纳税人后，可以根据小规模纳税人征收管理办法所列税率执行，可按3%交税。