在这种情况下，应该先进行发票补收，即要求供应商补发纸质发票，以便对进项发票的金额和税额进行正确的确认。若再次无法获取纸质发票，则应填写《代开票证明》，由有关财会部门进行审核复核，完成财务报表处理。此外，公司进项认证系统认证、外账入账以及报表处理过程中，可以依据《税收征管法》及《税收征管实施条例》中规定的相关规定，对没有发票或其他表明具有应税性质的票据的进项税款，可以依法在核定的税金额中减免，但必须有明确的减免依据，准确认定义务人的数额，并保留有效证据。另外，公司在实施进项系统认证、入账及报表处理等活动时，应秉持信息公开、权威监管、诚实守信的原则，高度重视税务信息完整性，有效确保财务数据准确性。