应该先减掉已经申报的5、6月不开票的收入，填写5、6月的发票，以及9月的发票。由于5、6月的收入已经申报，在9月这两个月的收入只能填写两万，但会存在收入过高的问题，此时应该查明核实原因，找出可能存在重复的收入，并将这些收入减去。 其次，根据《增值税暂行条例》第七十三条规定，企业通过查询系统发现存在重复申报税费的，可向税务机关申请减免或免税，因此可以根据税收有关规定，对出现重复申报收入的月份，向税务机关申请减免税款。 拓展知识：在纳税期间，纳税人不能随意开具发票，开具发票必须遵守税法，否则可能产生税收违法行为，甚至可能被罚款。因此，在开具发票的过程中，必须弄清实际情况，不能乱开具发票，避免出现重复申报的情况。