当员工缺勤时，工资应根据公司规定做相应的扣款处理，比如说，如果是病假、事假的，公司一般会扣取当天的工资；如果是旷工，公司会扣取一定比例的工资，并且将旷工记入员工的考勤记录；如果是迟到、早退，公司也会根据迟到、早退的时间比例扣除相应的工资，将违纪行为记录在员工考勤记录中。 扣工资之后，公司可以将员工的工资用不同的方式支付，例如现金支付、银行打款、转账等，每种方式都有其记账流程，例如现金支付可以用支票开具，银行打款需要写出银行转账支票，转账也要记账，等等。在做账之前，公司要核实每一位员工所缺勤的工作时间，从而进行合理的扣工资处理，公司还要对每一张支票或转账凭据进行收票归类存档，以便日后审计查询。 拓展知识：此外，公司有时也会根据不同情况，采取相应的补偿待遇或报酬来弥补员工缺勤带来的损失，具体要根据员工实际情况，结合公司规定来考虑。