正确的做账方式是：首先，创建一个银行账户，用于支付员工的劳动仲裁额外补偿款。其次，支付机构在支付员工补偿款时，要及时将相关申请表、支付记录和支付凭证资料归档。最后，在支付期限内，根据员工应收工资，由相关部门确认后支付，并将相关资料存档以备用。 劳动仲裁额外补偿款的做账，最重要的就是要准备好账户，确保资金及时支付，以便及时把握账务状况。同时，要建立好相关的资料归档，以便有效的管理和处理有关的账务事宜。另外，为了方便财务管理，建议建立电子记账系统，定期检查登记账簿，定期复核账簿，确保企业财务活动的准确性和及时性。