根据《中华人民共和国增值税暂行条例》，公司扣取加盟商一定的费用，作为公益基金应该开具增值税普通发票。比如：发票抬头为公司名称，项目明细为加盟商一定费用，货物名称填写“公益基金”，发票的金额为所扣取的费用，发票的增值税含税额为0，发票备注填写“公益基金”，收款人填写“XX公司”。 此外，在开具增值税发票时，有一些装置可以避免漏开发票，从而更好地减少漏税。例如，可以通过社保费自动开票、网购自动开票等方式，充分检查发票的有效性，避免漏开发票的情况发生。此外，也可以建立一个发票档案，定期更新，实施发票销售管理，以及实现完整的发票销售程序，及时查验和检查发票，发现有漏开发票的情况及时补开发票。以上就是关于公司扣取加盟商一定费用，作为公益基金应该开具什么发票的详细说明。