已经购买的机器设备，总价是300000元，增值税额39000元，款项已用银行存款支付。增值税是一种消费税，它是按价格计征税收的印花税，按发生价格（即售价）计税，不论原材料成本或各种费用多少。买方为支付购买机器设备的款项，可以使用银行存款，用银行存款支付时，可以把帐户内的资金托管给银行，在货款支付时，由银行代扣现金支付给卖方，这一步骤可以保证支付的真实性、及时性，也可以有效保护买方的利益。拓展知识：银行存款是指将资金存入银行，在合同约定的期限内以约定的利率受益的金融交易。银行存款可以支持客户在支付购买机器设备的款项时受到更大的保护，同时也可以有效防止资金外流。