注册公司时产生的盈余公积，在公司注销时，要进行处理。根据《中华人民共和国企业法》第三百八十四条的规定，企业注销时，把盈余公积转入企业所有者（股东）的普通账户。在公司注销时，企业以上市公司的形式转变的，应符合公司法及相关规定，不可私自行使盈余公积，按有关规定办理股票发行上市活动，并将盈余公积转入公司股本。 此外，在公司注销后，还要按照《企业法》第三百九十四条的规定，在当地税务机关办理公司注销后的清算税务登记手续，同时由有关当地会计师事务所开具凭证，以确认注销公司后的盈余公积的账户余额是否属实。如有异议，可由有关部门核实和处理。 公司盈余公积的处理不仅要按照法律法规的要求来处理，还要注意公司资产的安全和企业利益的维护，在处理过程中，应当充分结合实际情况，防止损失，保障公司及股东权益，最终实现企业的注销。