电商公司如果收到专用发票，应先在发票抬头核对，验证发票内容，保证发票的合理性和有效性；然后根据发票内容按照账务处理的规定，进行分别做账务处理，因为发票金额实际包含了员工工资和服务费，所以，公司应当把员工工资与服务费分开做账务处理。员工工资应划转至工资支出科目，服务费应划转至应付账款科目，以便于财务管理、统计以及内部控制。同时，还要遵守国家的税收政策，按照发票金额实行税费缴纳。拓展知识：对账务处理特别是发票认证，应结合企业的账务操作流程，采用有效的管理方式，制订账务处理与发票认证标准，确保发票处理准确无误。