当账面余额与增值税申报表的期末留底税额不一致的时候，首先应该核实增值税申报表的期末留底税额是否开票正确，有无遗漏或是否重复计入，并检查账面余额是否经过红字修改等情况。如果发现有误，应及时与税务机关进行沟通，尽快解决问题。此外，在进行税额核算时，企业要注意相关会计政策的变更，如税法调整、税收政策变更、减免税政策的施行等，积极响应政策变化，准确报送税务登记信息，确保税费的准确申报和缴纳。